Al respecto Vargas Ugarte señala como posible que ambos templos fueran diseñados por el mismo arquitecto, de quien no se conoce el nombre.

San Javier es una capilla rural cuya expresión forma está expresada en la corriente dieciochesca del barroco peruano en un claro ejemplo de complementación cultural nativa e hispana.

En forma reiterada se ha intentado incluirla en algún programa de preservación para evitar su desaparición.

Esta lista bianual busca llamar la atención internacional sobre aquel patrimonio cultural que está en peligro debido a las fuerzas de la naturaleza y al impacto de cambios sociales, políticos y económicos.

En la cripta de la iglesia, situada debajo del altar fue enterrado el corsario franco argentino Hipólito Bouchard.

La cripta tiene 52 tumbas y hacia el siglo XVIII estas eran los sepulcros destinados a las personalidades locales.

La cripta es abovedada con un crematorio en el centro y una ventana hacia el exterior que la ventila e ilumina.

Años después que los jesuitas fueran expulsados de América el estado peruano concedió el ingenio al corsario franco argentino Hipólito Bouchard.

El marino participó en el desembarco en Paracas de la expedición libertadora al Perú al mando de San Martín y tuvo una destacada actuación en la gesta independentista sirviendo a las órdenes del almirante británico Martin Guisse quien había combatido en Trafalgar y fue comandante y fundador de la Marina del Perú.