En el siglo XVII La Serena sufrió el ataque de varios corsarios, como el del inglés Bartolomé Sharp en el año 1680 quién asoló casi toda la ciudad, excepto algunos sectores y esta iglesia.
Su estructura nuevamente sería afectada por otro terremoto en 1796 en la que se desplomó parte de la torre, quedando esta en peligro.
Durante los combates del sitio de La Serena en 1851 su torre resultó severamente dañada.
Posteriormente en 1878 la iglesia sufrió varias modificaciones bajo la administración del padre Madariaga.
Se modificó la fachada, incorporando tres puertas simétricas, todo en estilo neo-renacentista.
El sismo de 1975 dejó la iglesia en muy mal estado obligando a cerrarla al público.