[1] La iglesia tiene elementos arquitectónicos propios de las fortalezas como muros ciegos, altos y gruesos, una puerta ferrada y protegida por una buhera (también llamada buhonera o buhereda).
Junto a la iglesia hay un brocal de la cisterna de aguas pluviales y pequeño cementerio, en la parte posterior, restaurado y habilitado para las visitas.
[5] A comienzos del siglo XVIII, durante la reforestación de la isla había una capilla dedicada a San Valerio que resultaba insuficiente para la población de entonces y se decidió construir otra más grande.
[3] Durante la construcción del templo al mismo santo levantado en Pamplona hacia 1951, el arquitecto encargado del mismo, Miguel Gortari, recoge en una carta las siguientes notas sobre el edificio de Formentera: «Iglesia de San Francisco Javier, Formentera, construida en 1783, obra colectiva de un pueblo, cada domingo, al ir a misa los fieles, llevaban una piedra mientras duró su construcción».
[8] El año 2004 la fachada fue pintada de blanco generando gran controversia.