Tras ser vendida, la iglesia se transformó en taller para la restauración de carruajes.
En 1880, la Tercera Orden de San Francisco compró la iglesia y convento tras 44 años sin uso religioso, comenzando la restauración del templo.
A finales del siglo XIX, durante la restauración de la catedral por Juan de Madrazo, el retablo se desmontó para devolver al templo formas más góticas.
La comunidad capuchina decidió en ese momento comprar el retablo barroco para instalarlo en la iglesia de San Francisco.
La iglesia se encuentra rodeada por diferentes edificios pertenecientes a la orden capuchina, destacando el convento en su parte sur, en el que aparece un gran claustro ajardinado, y el teatro San Francisco en la parte norte, donde se muestran diferentes programas de cine, música y teatro.