La iglesia, que solía ser el centro de los franciscanos misioneros en las Filipinas, fue destruida durante la Segunda Guerra Mundial.

El sitio ha sido ocupado por la Universidad de Mapúa posteriormente la guerra.

Cuando los franciscanos llegaron en las Filipinas en 1578, se construyó una iglesia hecha de nipa, bambú y madera, la cual fue inaugurada el 2 de agosto y fue dedicada a la Virgen de los Ángeles.

La iglesia fue destruida en los bombardeos de Manila durante la Segunda Guerra Mundial.

Desde la Segunda Guerra Mundial, el sitio ha sido ocupado por el Instituto de Tecnología de Mapúa, actualmente llamado Universidad de Mapúa.