En el segundo cuerpo después del arco podemos encontrar el altar mayor con su retablo y la puerta de acceso a la sacristía.

El retablo mayor o altar del sacramento data de 1681 y fue restaurado en 1969 por los hermanos Núñez, de estilo barroco, este conjunto arquitectónico está formado por tres calles, potenciando el centro donde se encuentra el Sagrario y sobre este la imagen de San Bernabé que es el patrono y titular de la parroquia, a continuación en el ático, podemos apreciar una talla del Divino Cristo.

No se conoce con exactitud la fecha de fabricación del retablo mayor.

El concilio Vaticano II convocado por su Santidad el Papa Juan XXIII, es sin duda un acontecimiento que marca un antes y un después en la Iglesia Católica, y la parroquia de San Bernabé no se ve exenta de los cambios que se solicitaron poner en practica a partir de su clausura en 1965.

Todas estas remodelaciones estuvieron tuteladas por la Junta Diocesana de Liturgia.

Anexa al lado derecho se encuentra una pequeña capilla dedicada a San Juan Bautista; fue construida hacia 1584 bajo el mecenazgo de la familia del Capitán Tomas Rodríguez Punxin,[4]​ con el fin de ser usada como sepultura, sin embargo no fueron los restos mortales del Capitán los que fueron sepultados allí si no los de su sobrina Doña Ines Punxin y su esposo.