Se formó en el Stoneridge Prepatory School, situado en Simi Valley, California.
En el verano de 2006 asistió al Adidas Superstar Camp, celebrado en Atlanta, siendo considerado el 7.º mejor pívot del campamento.
Hizo su mejor partido en diciembre de 2005 contra Philadelphia Lutheran, donde anotó 19 puntos (9-12 en tiros).
En su año freshman (2007-2008), anotó 16 puntos (5-6 en tiros) contra los Virginia Tech Hokies e hizo su mejor anotación en los cuartos de final de la Big 12 Conference contra los Texas Longhorns (19 puntos).
Hizo siete dobles-dobles a lo largo de la temporada, siendo su primer doble-doble contra los Texas Tech Red Raiders con 16 puntos y 10 rebotes.
En los 7 partidos que disputó (todos como titular), promedió 8,2 puntos, 3,8 rebotes y 1,1 tapones en 20,6 min de media.
Robó 4 balones (máxima de su carrera universitaria) y puso 3 tapones (iguala la máxima de su carrera universitaria en tapones) contra los Georgetown Hoyas, anotó 8 puntos y cogió 7 rebotes contra los West Virginia Mountaineers y cogió 10 rebotes (máximo reboteador del equipo en ese partido) contra los DePaul Blue Demons.
Jugó 14 min contra los Wright State Raiders, metiendo 2 puntos, atrapando 2 rebotes, dando una asistencia, robando un balón y poniendo un tapón.
Robó 2 balones y dio 3 asistencias (máximas de la temporada) contra los Toledo Rockets, anotando 7 puntos en 23 min (50 % en tiros d campo).
Anotó 8 puntos contra los Oklahoma Sooners e hizo su segundo doble-doble de la temporada contra los Miami Hurricanes (11 puntos y 13 rebotes (iguala la máxima de su carrera universitaria en rebotes)).
Metió 3 puntos, cogió un rebote y puso 2 tapones (máxima de la temporada) contra los St.
Anotó 6 puntos, cogió 4 rebotes y puso un tapón en el Senior Day contra los Georgetown Hoyas, metió 8 puntos, cogió 5 rebotes y puso 3 tapones (iguala la máxima de su carrera universitaria en tapones) contra los South Florida Bulls, metió 7 puntos, cogió 7 rebotes, robó un balón y puso un tapón en la segunda ronda del torneo de la NCAA contra los Missouri Tigers y metió 6 puntos y cogió 3 rebotes en la tercera ronda del torneo de la NCAA contra los UConn Huskies.
En los 9 partidos que jugó de liga, promedió 13,2 puntos, 6,9 rebotes y 1 asistencia.
Thomas jugó 5 partidos con un promedio de 1,2 puntos y 1,6 rebotes en 5,4 min.