Su carrera estuvo profundamente marcada por el llamado «Caso Zubiaurre», un conflicto que se generó tras un traspaso mal ejecutado entre la Real Sociedad y el Athletic Club, que llegó a los tribunales y se saldó con un fallo en contra del equipo bilbaíno, que fue condenado a indemnizar a la Real Sociedad con 5 millones de euros.

[1]​ Se retiró en 2013 tras haber disputado tan solo 73 encuentros desde su polémica marcha de la Real Sociedad en 2005.

Al día siguiente Zubiaurre era presentado oficialmente como uno de los fichajes del Athletic Club, firmando un contrato hasta 2011.

Poco antes de salir la sentencia había dimitido Fernando Lamikiz, presidente del Athletic Club, por su responsabilidad en el caso Zubiaurre.

El club interpuso una reclamación al Tribunal Supremo, aunque el 15 de noviembre la LFP tramitó su ficha en sustitución del lesionado Tiko.

Se considera que puede llegar a ser un peligro para los clubes que realizan políticas de cantera, como paradójicamente el propio Athletic Club o la misma Real Sociedad Tras pasar la temporada 2008-09 cedido en el Elche CF, volvió en la 2009-10 al Athletic Club, jugando un único partido en toda la temporada.Este partido supuso su debut en la Liga Europa, ante el Austria de Viena, y su primer partido como local en San Mamés.

[15]​ Tras un mes en este club, no logró hacerse un hueco en el equipo, por lo que el Racing decidió rescindir su contrato y el jugador quedó libre de nuevo.

[16]​ Por otro lado, el jugador también arrastraba una pubalgia, por lo que, ante esta situación, decidió consumar su retirada de forma definitiva, con 30 años.