[5]​ En 2009 fue ascendido al equipo filial, la Real Sociedad B, con el que jugó en Tercera División.

Gracias a ello pudo realizar la pretemporada de 2011 con la Real Sociedad, donde se convirtió en el jugador revelación.

El entrenador realista Philippe Montanier decidió incorporarlo al primer equipo donostiarra.

[13]​ El 27 de noviembre metió un nuevo gol desde medio campo al Real Betis para dar la victoria (2-3) en el minuto 89.

[23]​ En fechas previas se había especulado con el interés del Bayern de Múnich por ficharle.

Una semana después, la Real volvió a vencer 2-0 en Anoeta y se clasificó para disputar la fase de grupos.

[28]​ Iñigo fue titular en todos los compromisos europeos, salvo en el último ante el Bayer Leverkusen.

[31]​ El club acabó en séptimo lugar tras la derrota (1-2) ante el Villarreal, clasificándose para la Liga Europa de la UEFA.

Íñigo firmó el primer gol de la remontada al rematar un córner con el pie izquierdo.

Tras la llegada del británico, el central sufrió una leve contusión en la rodilla, que le impidió jugar durante dos semanas.

[36]​ En noviembre, con la llegada de Eusebio Sacristán, su estatus en el equipo no cambió.

[38]​ Pocos días después, en un entrenamiento, sufrió un esguince grado 2 en la rodilla izquierda que le impidió disputar los tres últimos partidos de la temporada.

[39]​ Tuvo un buen inicio de temporada 2016-17 llegando incluso a ser convocado, tres años después, por la selección española dirigida por Julen Lopetegui.

[45]​ Su buena campaña, en esta ocasión junto a Raúl Navas como compañero habitual, permitió al equipo lograr el acceso a la Liga Europa de la UEFA al acabar en sexta posición.

[56]​ Finalizó su etapa en el club donostiarra tras 238 partidos, todos ellos como titular, 18 goles y 4 expulsiones.

[60]​[61]​ El 4 de febrero debutó con el equipo rojiblanco, junto a Yeray Álvarez y Unai Núñez, en una línea defensiva con tres centrales.

[62]​ El Athletic cayó 2-0 ante el Girona, aunque Íñigo llegó a estrellar un balón en el larguero tras un remate de chilena.

En dicha campaña, el club rojiblanco logró clasificarse para la final de la Copa del Rey frente a la Real Sociedad.

Dicha final fue aplazada al año siguiente por la pandemia de coronavirus.

[77]​ Un mes después consiguió su segundo de la temporada en un empate a domicilio ante el Valencia C. F.

Disputó cinco partidos como titular en la Eurocopa sub-21 de 2013, donde se proclamó campeón (4-2) al derrotar a la selección italiana.

[92]​ En octubre fue convocado para los partidos ante Bielorrusia y Georgia debido a la lesión de Raúl Albiol.

[98]​ El 8 de septiembre participó en los minutos finales ante Inglaterra (1-2), en Wembley, luciendo el dorsal 6 que anteriormente había llevado Andrés Iniesta.