La familia fue reconocida por sistemas de clasificación modernos como el sistema de clasificación APG III (2009[2]​) y el APWeb (2001 en adelante[3]​) que la asignan al orden Nymphaeales.

Las hojas son simples concentradas alrededor de un corto tallo basal.

Hydatellaceae fue por muchos años considerada cercana a Poales, así como también de la incluyó en Centrolepidaceae.

[5]​ La familia fue reconocida por el APG III (2009[2]​), el Linear APG III (2009[1]​) le asignó el número de familia 2.

La familia ya había sido reconocida por el APG II (2003[6]​) si bien en otro orden.