Sin embargo, en el último partido cayó en su casa 4:0 con Liverpool, mientras que River ganó en La Paz frente al Oriental, logrando el ascenso a Primera División el conjunto darsenero.Por otra parte, en los primeros años del siglo XXI estuvo fusionado con Villa Teresa y Salus en procura de un gran equipo para la zona oeste de Montevideo, el Alianza Fútbol Club, pero el proyecto fracasó y los tres clubes regresaron a su constitución previa.Curiosamente, esa misma temporada Torque logró el título en la Segunda B, por lo que ambos se enfrentaron en la edición 2012-13.En el Campeonato Uruguayo de Segunda División 2011-12, Huracán se encontró más cerca que nunca de ascender a Primera División: fue derrotado mediante tiros desde el punto penal por el club Progreso, en la definición por el tercer ascenso del 2012.Inversamente, en la temporada siguiente Huracán finalizó último, e incluso perdió una instancia definitoria por el descenso ante Villa Teresa, sin embargo aunque previamente estaba definido un descenso deportivo antes de iniciarse el torneo, la Asamblea de Clubes votó una amnistía a Huracán que pudo mantenerse en la divisional.
