Sin embargo, en la primera temporada ya surgieron los inconvenientes: Alianza no pudo participar del torneo de Segunda División ocupando la plaza que poseía Salus, debido a las deudas que mantenían tanto ese club como Villa Teresa; que al traspasarse a la nueva institución, le impidieron competir.

Finalmente, Alianza pudo participar de los torneos 2002, 2003 y 2004; pero tuvo que abandonar este último debido a los problemas económicos que la institución arrastró desde su propio inicio.

Una vez desintegrado el club, las tres instituciones (que mantenían independencia social) regresaron a sus actividades, compitiendo en los torneos de la AUF.

La camiseta llevaba los colores representativos de las tres instituciones: azul, rojo y blanco.

El club no obtuvo ningún título.