La estación se encuentra ubicada en el centro de la ciudad, más específicamente en la Avenida Caracas, entre la diagonal 1 Bis Sur y la calle 2 Sur.

Se accede a ella mediante cruces semaforizados ubicados sobre estas vías.

La estación recibe el nombre por la cercanía del centro médico del mismo nombre, también llamado San Juan de Dios.

A comienzos del año 2001, fue inaugurada la segunda fase de la Troncal Caracas desde Tercer Milenio, hasta la estación intermedia de la Calle 40 Sur.

Meses más tarde el servicio fue extendido al sur, hasta el Portal Usme.