Desde 1930 los trabajadores mineros conformaron varios equipos para participar en los campeonatos intermineros, es así que el primer club predecesor fue "Cordillera Royal", posteriormente "Sparta", luego "Will Cats" y el último equipo lo conformaron a inicios de 1940 bajo el denominativo de "Huari House".

[1]​ La versión más conocida y aceptada sobre esta denominación es que proviene de Huaricocha dios supremo dentro del Imperio incaico.

Plantel campeón: Dionisio Cahuana, René Giménez, Teófilo Bastos, Julio Aguirre, Eliodoro Flores, José Aldapiz, Máximo Uzeda, Paulino Ovando, Luis Moruno, Alejandro Rocha, Jacinto Murillo, Eusebio Pérez, Osvaldo Enríquez, Alejandro Vaca, Gumercindo Gómez y Manuel Rocha.

En 1953 se llevó a cabo el último campeonato en la era amateur, donde San José obtuvo el campeonato por gol diferencia tras empatar con el Oruro Royal a 16 puntos, marcando treinta y siete goles, mientras que su rival anotó treinta y dos.

También ese año llegaría al club un joven jugador Armando Escobar que pronto sería la figura más destacada del equipo en la década de los años 50.

De esta manera el plantel estaba conformado por los siguientes jugadores: Eliodoro Flores, Teófilo Bastos, José Aldapiz, René Giménez, Máximo Uzeda, Julio Aguirre, Dionisio Cahuana, Luis Moruno, Alejandro Rocha, Eusebio Pérez, Jacinto Murillo, Gumercindo Gómez, Osvaldo Enríquez, Paulino Ovando, Alejandro Vaca Guzmán y Manuel Rocha.

[5]​ Fue precisamente San José el primer club orureño y el primero del interior del país en hacerse profesional, luego de solicitar su incorporación al campeonato profesional Integrado, de esta manera participó en el primer campeonato Interdepartamental.

En el Torneo integrado 1955, San José obtiene su primer título nacional con 29 puntos, producto de 13 victorias, 3 empates y 4 derrotas.

Marcando un hito en el fútbol boliviano al convertirse en el segundo equipo en salir campeón nacional y el segundo del Torneo Nacional Integrado,[7]​ competición que contaba con la participación de clubes de La Paz, Oruro y Cochabamba.

El bravo equipo "santo" obtiene así el galardón mayor del fútbol profesional por primera vez en su segunda incursión en esta clase de lides.

LA NACIÓN saluda al campeón de 1955 felicitándolo por su magnífica campaña en un torneo inolvidable para los aficionados orureños que paladean así la máxima satisfacción.

El 16 de enero, ya como campeón empató 2 a 2 con Bolívar en La paz, los goles fueron convertidos por los "Maestros" Armando Escobar y Víctor Agustín Ugarte, dos grandes figuras del fútbol boliviano.

San José que brindó un gran espectáculo futbolístico fue vitoreado y prácticamente obligado por los aficionados a dar la vuelta olímpica donde el público paceño y los cientos de hinchas que se trasladaron en tren a esa capital, premiaron con aplausos al gallardo campeón nacional de fútbol.

Luego los hinchas del cuadro rojo provocan la batalla campal porque el árbitro Arturo Ortubé cobro un tiro penal en favor de San José y finalmente Jorge Orellana convierte a los 85 minutos decretando el 3-1 definitivo, conquistando así el torneo denominado "Tres Ciudades".

Dirigentes: Ing. Manuel Flores, Gerente de la Empresa Minera San José, apoyado por el directivo Felipe Mendivil.

Plantilla: Francisco Bonifacio, Silvano Valdivia, Juan Pedro Valdivia, René Torrico, Gerardo Vargas Oroza, Jorge Marcilla, Ramón Honores, Alfredo Ágreda, Jorge Orellana, Nicolás Carrión, Jacinto Murillo Romay, Oscar Bellott, Humberto Murillo Romay, Roberto Gutiérrez, Roberto Román, Armando Escóbar, Hugo Peláez, Benjamín Maldonado, René Barrientos, Luis García, Luis Castro, Norberto Fernández y Desiderio Montaño.

En el accidente fallecieron los dirigentes Hugo Peláez Peña, el doctor Villavicencio, Julio Aguirre, el Ingeniero Arce y José López Rivas.

En agosto de aquel año, el Club Always Ready se refuerza con los principales futbolistas del fútbol boliviano para iniciar su gira europea, de esta manera San José aporta a su capitán y máxima figura, Armando Escobar.

En el Campeonato Sudamericano 1963, Bolivia se consagra campeón del torneo por primera vez en su historia, San José aporta en un principio al habilidoso Armando Escobar, pero, en un encuentro amistoso entre la selección y San José, el entrenador Danilo Alvim decide reemplazar a Escobar por Edgar Quinteros, el mismo jugador años más tarde explicó el suceso: En el campeonato de 1963, San José supera la primera fase del torneo y en la fase final se enfrentó a Aurora y Jorge Wilstermann, adjudicándose el tercer lugar.

Con Ferrufino al mando del equipo San José lograría el título del torneo clausura 2007, teniendo como figura principal al brasileño Álex da Rosa, quién convertiría el gol que le dio el triunfo en la final por el campeonato ante La Paz Fútbol Club.

Para el Torneo Clausura 2017 se presenta, el 6 de junio, a Julio César Uribe como nuevo director técnico.

El club se refuerza con los jugadores Javier Sanguinetti, Heber Leaños, Diego Zamora y José Luis Tancredi, además del retorno de Carlos Saucedo, Marcelo Gomes, Ronald Segovia, Ignacio García y Abdón «El Demonio» Reyes.

Para el Torneo Clausura 2018, la plantilla se mantuvo, siendo el plantel de la V azulada, serio candidato al título, fue luego de las resonantes victorias ante Sport Boys (6-0), Real Potosí (5-0) y Oriente Petrolero (1-3), que el plantel ocuparía los primeros puestos.

Mientras que, Eduardo Villegas estableció un récord al ser el primer técnico en salir campeón como jugador y como entrenador en el club.

Desde 2022 el club se encuentra vigente en la Asociación de Fútbol Oruro, amenazado con su desaparición por las deudas contraídas el año 2019.

Debe aclararse que San José no posee ningún tipo de relación con Gualberto Villarroel.