[6]​ El equipo fue llevado a la segunda por don Miguel Ortiz Tobón, vicepresidente de la Liga, quien los había visto jugar y quedó impresionado por su calidad.

La fusión duraría hasta 1945, tiempo en el que Unión Indulana tendría una participación destacada en la primera categoría antioqueña (dos cuartos lugares y un tercer lugar).

No obstante, a pesar de la figuración y los buenos resultados, la situación económica cada día se puso peor por la reiterada ausencia del público en los estadios.

[51]​ En 1965 se cumplió la única actuación destacada de la década al obtener el subcampeonato a tan sólo dos puntos del primer lugar.

[57]​ La nómina del 71 la completaban, entre otros, Gerardo «El Alemán» Moncada, Teófilo Campáz, Gilberto Osorio, Gustavo Santa, Javier Tamayo, Hugo Gallego, Juan Carlos Lallana y Hernando Piñeros.

El primer partido disputado en el Atanasio Girardot terminó 0-0 y el marcador se repitió en el Campín, por lo tanto, el título tendría que definirse en cancha neutral.

Nacional inició ganando el juego con gol de Hernando Piñeros en el segundo tiempo, pero el visitante logró rescatar un empate a cinco minutos del final.

3º Campeonato Colombiano 1976 3º Título Nacional En inicio de 1976] fue un primer semestre irregular donde se perdieron partidos que parecían estar seguros.

4º Campeonato Colombiano19814º Título Nacional El prestigio de Zubeldia, aunque seguía intacto, comenzaba a resentirse un poco, pues ya llevaba varios años sin conseguir buenos resultados.

El peruano César Cueto fue la gran figura del equipo con 17 goles y al igual que en 1976 el técnico campeón fue el argentino Osvaldo Juan Zubeldía.

Seguía el clásico con el DIM, pero apenas pudo empatar, logró un triunfo frente a Santa Fe 3-2 en El Campín y le ganó al América de Cali como local 1-0.

En el torneo final del año clasificó al octogonal, pero la irregularidad no le permitió conseguir un mejor puesto que el tercero y Millonarios se alzaba con su título número 12.

Para el finalización el cuerpo técnico fue reforzado con Juan José Peláez, Roberto Vasco y Hernán Darío Gómez, quienes acompañarían a Francisco Maturana.

Como el equipo había puesto todas sus energías en la Copa Libertadores, tuvo que jugar el campeonato con una nómina mixta, sin embargo ocupó la sexta casilla en el Apertura.

[80]​ Atlético Nacional se convirtió, con esta conquista, en el primer equipo conformado únicamente por jugadores colombianos campeón del fútbol local, todos los demás, incluido el Verde Paisa, habían tenido -desde 1948- al menos un extranjero en su plantel.

6º Campeonato Colombiano Copa Mustang 1994 6º Título Nacional Después de ser primero en la reclasificación, en los cuadrangulares semifinales le correspondió jugar con el Independiente Medellín, Envigado F. C. y el Deportivo Cali, ganando el grupo con 10 puntos.

Aunque el equipo tuvo buenos resultados, el técnico argentino fue destituido al caer en la segunda fecha del Clausura ante Millonarios F. C., siendo reemplazado por Luis Fernando Suárez.

De esta forma el conjunto paisa se consagró como el único equipo colombiano en vencer a Boca Juniors en «La Bombonera» en partidos oficiales.

En este año Nacional se reforzaba en su nómina con varios jugadores como Vladimir Marín y el exgoleador del Once Caldas, Sergio Galván, entre otros.

Una vez más, el verde llegó a los cuadrangulares semifinales, pero se quedó en el camino hacia el título, después de que perdiera dos partidos claves frente al Deportes Tolima, 1-0 en Ibagué y 1-2 en Medellín.

El segundo encuentro, jugado el 19 de diciembre, en el Estadio Atanasio Girardot, terminó 0-0, obteniendo así el título Nacional por décima ocasión y el primer bicampeonato en su historia.

En el Torneo Finalización 2010, Nacional inició un nuevo proceso con José Fernando Santa y con la promesa de darle la oportunidad a las divisiones menores.

Para iniciar la temporada 2012 el equipo realizó varias modificaciones en la nómina, cambios solicitados por el profesor Santiago Escobar, se contrataron al delantero Johan Fano, el defensor central Óscar Murillo, el volante de marca Jhon Valoy, el lateral Elkin Calle, Farid Díaz, Alexis Henríquez, Alexander Mejía, Jherson Córdoba, Wilder Guisao, Alejandro Bernal, el joven volante creativo Juan Fernando Quintero, Luis Fernando Mosquera, Juan David Valencia, Cristian Tula y el volante creativo Macnelly Torres que volvía al equipo luego de seis meses.

Con este triunfo el profesor Juan Carlos Osorio logró alzar 3 copas en un año, además se convirtió en el D. T. Verdolaga que más títulos levantó con el club.

El equipo inició el 2014 jugando la Superliga, su rival fue el Deportivo Cali que terminó como el segundo mejor clasificado en la tabla de reclasificación de 2013, ya que Nacional había ganado los torneos apertura y finalización el año anterior y fue el primero en la reclasificación; el global terminó 2-2, pero el Cali se llevó el título venciendo a Nacional 3-4 desde el punto penal.

[109]​ El inicio del 2015 no fue el más esperado, Atlético Nacional volvió a perder la final de la Superliga, esta vez contra Independiente Santa Fe.

[110]​ En el Torneo Apertura el club realizó una campaña muy irregular, logró clasificar a cuartos de final, pero fue eliminado por el Deportivo Cali al perder 4-3 en el global.

El 13 de julio se jugó el partido de vuelta en Medellín, a los 8 minutos, el argentino Jonathan Calleri anotó un gol para São Paulo, dejando la serie 2-1, pero a los 15 minutos Miguel Borja marcó su tercer gol en el club y el empate parcial para Nacional; en el segundo tiempo, en el minuto 76, hubo una mano dentro del área del defensor Carlinhos, provocando penal a favor de Nacional, la falta fue cobrada por el mismo Borja, marcando su cuarto gol en la Copa Libertadores en tan sólo 2 partidos y convirtiéndose en el goleador del club en la competición.

[151]​ Por su parte, Atlético Nacional solicitó a la Conmebol que el título le sea otorgado, de manera honorífica, al club brasileño.

En el plano futbolístico, Nacional fue el segundo equipo, en llegar a las dos finales más importantes de Sudamérica en una misma temporada, terminó invicto y con Miguel Borja como goleador del torneo, junto con el paraguayo Cecilio Domínguez, cada uno con 6 goles.