Hippopotamus melitensis es una especie de hipopótamo extinto de Malta.
Su llegada se produjo después de la crisis salina del Messiniense[2] y vivieron durante el Pleistoceno.
La ausencia de depredadores condujo el enanismo de los hipopótamos.
La mayoría de los hallazgos de esta especie se llevar a cabo en Għar Dalam, una cueva en Malta famosa por sus yacimientos de fósiles del Pleistoceno.