La especie tipo , Heyuannia huangi, fue nombrada y descrita por Lü Junchang en 2002.
El nombre específico honra a Huang Dong, el director del Museo Heyuan.
[4] En su blog sobre terópodos el paleontólogo Andrea Cau propone que Ajancingenia yanshini, originalmente "Ingenia yanshini", cuyo nombre genérico estaba preocupado por un nematodo y fuera remplazado por Easter en 2013, sin embargo, varios problemas éticos con el estudio citado, incluido el plagio del texto y una figura.
[5][6] El siguiente cladograma sigue el análisis filogenético de 2017 realizado por Funston y colegas.
Banji long Wulatelong gobiensis Shixinggia oblita Khaan mckennai Conchoraptor gracilis Machairasaurus leptonychus Jiangxisaurus ganzhouensis Nemegtomaia barsboldi Heyuannia huangi Ajancingenia yanshini