En la segunda trilogía, situada tres años antes cronológicamente, también es acompañado por Emmy Altava.

Podríamos definir al profesor Layton como: Como se ha mencionado anteriormente, este hombre es muy inteligente, y le debe la mayoría de su aprendizaje a Andrew Schrader, su mentor, también profesor, que ha sido importante en diversos misterios, por no decir prácticamente clave, como es el caso en El profesor Layton y la caja de Pandora.

Además, mientras Layton estudiaba, no sabía que se estaba codeando con un futuro archienemigo suyo, Paul, posteriormente conocido como don Paolo.

Hershel Layton ha sido clave además en la mayoría de los casos de Scotland Yard, y en parte viceversa, pues el inspector Chelmey, acompañado de su ayudante Barton, han sido importantes a la hora de conseguir información en algunos misterios del profesor Layton, como en El profesor Layton y el futuro perdido.

En el cuarto juego (primero de la segunda trilogía) El profesor Layton y la llamada del espectro, muestra cómo se conocieron, pues su padre, Clarck Triton, resulta ser un buen amigo y compañero de la universidad de Layton.