Es posible que el problema de la heredabilidad perdida no se deba a las variantes aún sin descubrir sino a las interacciones genéticas y, por tanto, la heredabilidad total podría ser mucho menor.
[2] Si la hipótesis de la heredabilidad fantasma es cierta, se tendría que considerar no solo la presencia de las alteraciones en el ADN y sus implicaciones directas a una enfermedad, sino que habría que ampliar el espectro de investigación para analizar estas interacciones genéticas y poder dar un diagnóstico más preciso.
Esto puede ser más laborioso y se necesitarían más recursos y personal cualificado que sepa interpretar los resultados adecuadamente.
Por ejemplo, dos genes pueden afectar a la altura y sumar un centímetro por separado, pero juntos podrían llegar a sumar hasta cinco.
En resumen, la heredabilidad perdida no tiene por qué corresponder directamente a las variantes que faltan (por ejemplo, SNPs no analizados de una determinada enfermedad o alteración genética multifactorial), ya que las estimaciones actuales de heredabilidad total pueden ser infladas o incrementadas de manera significativa por las interacciones genéticas.