[1] Fue autor de obras como American Negro Slave Revolts (Columbia University Press, 1943),[2] Essays in the History of the American Negro (International Publishers, 1945),[3][2]The Negro People in America, a Critique of Gunnar Myrdal's "An American Dilemma" (International Publishers, 1946),[2] The Colonial Era (International Publishers, 1959),[4] The American Revolution, 1763-1783 (International Publishers, 1960),[4] o Anti-Racism in U.S.
History: The First Two Hundred Years (Greenwood Press, 1992),[5] entre otras.
También fue autor de opúsculos como The Truth about Hungary (Mainstream Publishers, 1957) —en el que a través de una visión estalinista de la realidad húngara[6] defendió la intervención de la Unión Soviética en el país tras la revolución de 1956—[6][7][8] o The Fraud of "Soviet Anti-Semitism" (1963),[9] entre otros.
Fue editor de los siete volúmenes de A Documentary History of the Negro People in the United States —publicados entre 1951[10] y 1994— y de los dos de The Correspondence of W. E. B.
En 1998 se publicó en su honor African American History and Radical Historiography: Essays in Honor of Herbert Aptheker, editada por Herbert Shapiro.