También se desempeñó como general, comandante en jefe, del segundo y sexto viaje mencionados.
[1] Para este viaje se reunieron ₤ 70.000 que se invirtieron en la compra de naves y mercancías necesarias para ejecutar este primer viaje a las Indias Orientales bajo las privilegiadas condiciones establecidas en la Carta Real dictada por la reina Isabel I.
En Achén, en junio de 1602, el capitán Lancaster, comandante en jefe de la expedición lo nombró capitán y comerciante jefe del Susan y lo envió a Priaman.
Estas naves eran las mismas empleadas en el primer viaje por lo que sus características en cuanto a tonelaje y tripulación son conocidas.
Zarpó para Inglaterra el 6 de octubre y el 19 de diciembre fondeó en Table Bay avistando al Hector con muy pocos tripulantes ya que casi todos habían fallecido.
Middleton envió marineros a bordo para que la condujeran hasta el fondeadero.
Él había conducido su expedición mucho más allá de lo que la compañía podía esperar y las ganancias fueron muy grandes.
A continuación, intentó abordar el Darling, que estaba fondeado cerca de la costa; pero los turcos fueron rechazados con grandes pérdidas.
Después fueron enviados al gobernador de Sinam, Sana, donde fueron tratados más humanamente y se les permitió comunicarse libremente con los barcos.
Downton, que había llegado de Adén con el Peppercorn, propuso tomar represalias en los barcos mercantes turcos e indios, pero Middleton lo contuvo, temiendo que ello podría resultar perjudicial para él y sus compañeros.
El gobernador le había prometido que todos ellos serían puestos en libertad cuando llegasen los vientos del oeste.
A los comerciantes de la costa también les ordenó que se fueran sin darle tiempo siquiera para cobrar sus deudas.
Se encontró, sin embargo, que el Trader Increas necesitaba reparaciones extensas por lo que a principios de febrero de 1613, Downton zarpó para Inglaterra con el Peppercorn.