Terminados sus estudios viajó por Europa y norte de África.En 1882 visitó la zona meridional de Angola y al año siguiente, junto a Henry Morton Stanley, se internó en el Congo.La British Association for the Advancement of Science le encargó la expedición británica al Kilimanjaro en 1884.Un hecho destacable en su actividad como naturalista es el de haber realizado las primeras descripciones del okapi, en el año 1900, a partir de restos facilitados por los habitantes nativos.La caída de agua, en Mambidima, del río Luapula fueron nombrados Johnston Falls por los británicos en su honor.
