En 2001 fue nombrado director del Museo del Louvre,[1]​ cargo que ocupó hasta el 3 de abril de 2013, en que fue sustituido por Jean-Luc Martínez, pasando él a ser miembro del Consejo de Estado.

Realiza numerosas exposiciones, la mayor parte consagradas a impresionistas europeos.

Henri Loyrette también es presidente del consejo científico de la agencia France-Museos (AFM) que coordina el proyecto del Louvre Abu Dabi.

[2]​ Esto ha producido mucha controversia tanto en Francia como en la comunidad internacional.

[3]​ Lista no exhaustiva: Loyrette ha organizado varias exposiciones sobre diversas materias, incluyendo exposiciones sobre Edgar Degas, Honoré Daumier, y los orígenes del Impresionismo.