Tras dos años en la Fórmula Ford fue segundo en la temporada 1987, a pesar de no haber participado en todas las carreras.

Ganó el campeonato en su primer año, y quedó además sexto en la Fórmula Opel Lotus Euroseries.

Su actuación impresionó a Frank Williams, tanto que este le ofreció sustituir al fallecido Ayrton Senna en Williams tras la muerte del brasileño, pero Frentzen decidió seguir con Sauber, y sus actuaciones mantuvieron el nivel del equipo después de que Wendlinger sufriese varias heridas en Mónaco.

Al año siguiente, con los nuevos motores Ford, Frentzen consiguió su primer podio y acabó noveno en el Campeonato de Pilotos.

Sin embargo, en la temporada 1996, la falta de fiabilidad del Sauber hizo que se retirase en muchas carreras.

Las temporadas 2000 y 2001 fueron los escenarios de una batalla con el equipo British American Racing, al que Honda comenzó también a suministrar motores.

Frentzen abandonaría el equipo en la temporada 2001, tras varias carreras sin puntos, lesiones y una serie de retiradas, siendo reemplazado por Jean Alesi.

En 2004, Frentzen abandonó la Fórmula 1 para participar en la DTM alemana con la escudería Opel, motivado por los resultados que el expiloto de F1 Jean Alesi había conseguido en el campeonato germano.