Su pronunciación es muy parecida a la del árabe que hablan, el cual usan para la oración.

El hebreo samaritano muestra las siguientes diferencias consonánticas con respecto al hebreo bíblico usado por los judíos: En una lectura rápida, raras veces puede llegar a pasar que /q/ también se pronuncie como [χ].

[7]​ El acento por lo general difiere al de las otras tradiciones, ya que normalmente recae en la penúltima y a veces última sílaba.

Quién = mi, qué = ma Cuando se añaden sufijos, la ê y ô de la última sílaba pueden convertirse en î y û: bôr (judío bohr) "socavón" > búrôt "socavones".

El artículo definido es a- o e-, y causa geminación de la consonante que le sigue, excepto cuando es gutural.

Por ello, por ejemplo: énnar / ánnar = "el joven"; ellêm = la carne", a'émur = "el asno".

Los samaritanos tienen la tradición de deletrearlo en las letras samaritanas: "Yohth, Ie', Baa, Ie’" o decir "Shema" que significa "El Nombre (Divino)" en arameo, que se parece al hebreo judaico "Ha-Shem".