La escuela fue fundada por el Hetrick-Martin Institute (HMI), una organización que proporciona apoyo social a jóvenes en situación de riesgo, especialmente LGBT.
La Harvey Milk High School (HMHS) es una escuela de traslado abierta para todos los estudiantes la ciudad de Nueva York que busquen una experiencia educativa alternativa a sus actuales institutos donde puedan expresar su individualidad e identidad.
El colegio ofrece a los estudiantes una experiencia académica rigurosa en línea con los estándares y expectativas educativas del estado de Nueva York.
El Senador demócrata Rubén Díaz se opuso a la medida y puso un pleito ante la corte suprema de Nueva York aduciendo dedicar que tal suma de dinero público para sólo un centenar de estudiantes, por tener una orientación sexual diferente, era ilegal y discriminaba a los chicos heterosexuales que tenían que ir a escuelas más pobres.
Además de alegar que separar a los alumnos en una edad tan temprana podría influirlos cuando todavía no se ha definido totalmente su sexualidad.