Münch fue apodado El buen hombre de Auschwitz por su negativa a ayudar en los asesinatos en masa.

Cuando comenzó la Segunda Guerra Mundial, reemplazó a los médicos rurales en sus prácticas en el campo bávaro, ya que habían sido admitidos en el ejército; El intento de Münch de alistarse en la Wehrmacht fue rechazado porque su trabajo como médico se consideró demasiado importante.

Münch trabajó junto a Josef Mengele, que tenía la misma edad y también procedía de Baviera.

Junto con otros médicos, se esperaba que Münch participara en las "selecciones" en el campo de Auschwitz-Birkenau, para decidir quién de los hombres, mujeres y niños judíos entrantes podría trabajar, con quién se experimentaría y quién sería asesinado en las cámaras de gas.

Sin embargo, existen dudas sobre la veracidad de esta historia: otro ex recluso, Imre Gönczy alias "Emmerich", pinta un panorama muy diferente: supuestamente, Münch no solo participó en las selecciones, sino que también usó la carne de los cadáveres para cocinar.

En la reunión, Münch dijo que si pudiera retroceder en el tiempo y elegir ir a Auschwitz nuevamente, lo haría absolutamente, porque lo vio como una gran oportunidad.