Habiendo retornado a Alemania, Creutzfeldt trabajó en el Instituto Neurológico de Fráncfort, en las clínicas neuropsiquiátricas de Breslau, Kiel y Berlín y en el Deutsche Forschungsanstalt für Psychiatrie de Múnich.
La Segunda Guerra Mundial estalló cuando el científico contaba 54 años de edad.
Creutzfeldt, que no era nazi y no simpatizaba con el régimen hitleriano, salvó a varias personas destinadas a morir en los campos de concentración, escondiéndolas de sus perseguidores.
El conflicto se suscitó porque Creutzfeldt deseaba autorizar a los ex oficiales de las fuerzas alemanas para que estudiaran allí, lo que los aliados no querían permitir.
En 1953 se mudó a Múnich para proseguir sus investigaciones científicas y murió en esa ciudad en 1964.