Anteriormente protestante evangélico, se unió a la Iglesia ortodoxa oriental en 2017.

A finales de los años 1980, Hanegraaff se asoció con Walter Ralston Martin en el Christian Research Institute (CRI), el ministerio protestante conservador antisecta y de apologética, que Martin fundó en 1960.

Como parte de sus funciones, Hanegraaff reemplazó a Martin como presentador del programa de radio The Bible Answer Man y se convirtió en conferencista y predicador itinerante en iglesias, donde cumplió con los estatutos ministeriales generales de CRI.

[3]​ La demanda por difamación fue desestimada basándose en el estatuto anti-SLAPP de California.

El tribunal determinó que, aunque las declaraciones de Alnor sobre una investigación de fraude postal eran falsas, era poco probable que Hanegraaff demostrara "malicia real".