La historia se basará en el Capitán James Gregory Cutter y la tripulación del Spirit of fire, despertando del Criosueño sobre las instalaciones destruidas de El Arca, previamente conocido en Halo 3, sin conocer cómo han llegado ahí.
Después de 28 años en crio-sueño, la tripulación de la UNSC Spirit of Fire despierta cerca del Arca (Lugar que visitamos en Halo 3) para encontrarse y enfrentar a una antigua facción llamada Los Desterrados, que se desprendió del Covenant antes del Gran Cisma, liderados por un Jiralhanae llamado Atriox que amenaza a la tripulación y quizás a toda la humanidad.
Los Spartans retroceden, evacuando a su compañero ahora inconsciente, y escapan del puesto avanzado con fuerzas hostiles en su persecución.
Mientras los otros abordan un Pelican, Alice-130 se queda atrás para detener a los atacantes, su destino es incierto.
A bordo del Spirit of Fire, Isabel conmocionada informa al Capitán Cutter y al equipo sobre la nueva amenaza: un caudillo Jiralhanae, Atriox, que se rebeló contra el Covenant durante la Guerra Humano-Covenant, acumulando un ejército mercenario conocido como Los Desterrados, que ahora atacó el Arca y masacró a los humanos que estaban bajo las órdenes de Isabel.
Para evitar que Los Desterrados hagan uso del Cartógrafo, el Capitán Cutter decide montar un asalto al sitio.
Anticipando los planes del UNSC, Atriox ha destinado fuerzas dirigidas por Decimus en el área.
Se revela que el Arca mantiene un Halo casi completo en su fundición como reemplazo de emergencia.
Jerome e Isabel se dirigen al elevador de gravedad, pero su Pelican es derribado en el camino.
El rayo pronto penetra en la corteza del Arca, despertando a los Centinelas agresores de la instalación.
Los Enjambres de los Centinelas descienden sobre la Convicción Duradera, embistiendo al portador en números masivos.
A continuación, Atriox y Shipmaster Let 'Volir examinan los restos de la Convicción Duradera.
Mientras evalúan sus pérdidas, ambos se sorprenden al presenciar un Halo saliendo de la Fundición del Arca.