Halitherium también tenía la costillas alargadas para aumentar la capacidad pulmonar y proporcionar mayor control en la flotabilidad.

[3]​ Fue descrito y nombrado originalmente por Johann Jakob Kaup con base en un premolar inferior del Oligoceno temprano (Rupeliense) del sur de Alemania, pero el propio Kaup estableció erróneamente que el premolar, en su opinión, gehort zu Hippopotamus dubius Cuv., sin advertir que H. dubius en realidad es un sinónimo más moderno del sirenio primitivo Prototherium minima, mientras que acuñaba simultáneamente el nombre de género y especie Pugmeodon schinzii para el mismo espécimen.

[4]​ Por su parte, el renombrado paleontólogo alemán Christian Erich Hermann von Meyer incluyó el espécimen tipo de Halitherium schinzii en su especie compuesta Halianassa studeri,[5]​ cuyo hipodigma también incluyó los especímenes tipo de Metaxytherium medium y Protosiren minima así como un maxilar del Mioceno y un esqueleto de la molasse basin en Suiza.

[8]​ Debido a que Halitherium se basó originalmente en una especie tipo mal identificada y tomando en cuenta el amplio uso de Halitherium, el especialista en sirenios Daryl Domning realizó una petición a la ICZN para designar a Pugmeodon schinzii como la especie tipo de Halitherium, y la propuesta fue aprobada por la Comisión en 1989, haciendo efectivamente a Pugmeodon un sinónimo más reciente objetivo deHalitherium, en línea con el nuevo concepto de Halitherium presentado por el propio Kaup.

[15]​ Sin embargo, "Halitherium" taulannense representa un género distinto, aún sin nombrar, mientras que H. antillense es un nomen dubium, y H. christolii y H. bellunense han sido renombrados como los géneros Lentiarenium e Italosiren, respectivamente,[16]​[17]​ dejando solo a H. alleni como la única especie que puede ser considerada como parte del mismo género con seguridad, junto a H. schinzii.