Es miembro fundador y vicepresidente del Partido Social Cristiano[1]​[2]​[3]​ y ha ocupado diversos cargos públicos, entre los que destacan su función como Secretario Regional Ministerial de Salud en la región del Biobío[4]​ y su rol como concejal de Concepción.

[5]​[6]​[7]​[8]​ Está casado con Francesca Muñoz, diputada por el distrito 20 desde 2018 y coordinadora regional de la Comisión Nacional Evangélica por la Familia (Confamilia)[9]​, con quien tiene dos hijos; Francesca y Juan Pablo.

[10]​[11]​ [12]​ En 2008, Héctor Muñoz comenzó su carrera política postulándose para el cargo de concejal en Concepción, aunque no fue electo en ese momento, obteniendo 2 811 votos, suponiendo el 3,03% del total.

[13]​[14]​ En octubre de 2024, Muñoz fue electo alcalde de Concepción, logrando el 21,61% de los votos, en una ajustada competencia en la que derrotó a Aldo Mardones (Democracia Cristiana), al ex-frenteamplista Camilo Riffo y al candidato apoyado por el Partido Republicano James Argo.

Su campaña se centró en cuatro ejes principales: seguridad, salud, conectividad y limpieza.