En su segunda temporada en el club, tras derrotar a Atenas por 3-1 en semifinales, el equipo llegó a la final de la Liga Nacional de Básquet 1990-91.
Su siguiente club fue Boca Juniors, donde en su segundo año en el mismo, obtuvo nuevamente el campeonato, esta vez ante Independiente de General Pico, con una serie que finalizó 4 a 1.
Su siguiente club fue Estudiantes de Olavarría, donde en su primera temporada el club finalizó en el puesto número 14 y Gustavo promedió 10,8 puntos en los 54 partidos que jugó, la segunda marca más alta de su carrera y 4,3 asistencias.
Estudiantes se llevó el título, en una serie donde no hubo victorias de visitantes, por 4-3.
Tras superar la fase de grupos y derrotar a Welcome, venció en la final a Aguada, siendo este el primer título internacional del club.
En el año 2007, jugó nuevamente en 9 de Julio, esta vez junto a su hijo Juan Manuel Fernández y obtuvo el título de la Liga Cordobesa, permitiendo así el ascenso a la Liga B, tercera división en ese momento y concretando su retiro del baloncesto.
[4] En la temporada 2014-15 también estuvo a cargo del club, que consiguió el ascenso a la Liga Nacional de Básquet pero realizó una fusión con San Lorenzo de Almagro y Fernández se alejó del club.