En 1918 se casó con Lucie Grote, una masajista, bailarina y estudiante de Elsa Gindler.
Fue adjunto de Jung durante un año cuando este asumió la controvertida presidencia de la Allgemeine Ärztliche Gesellschaft für Psychotherapie, y Jung escribió una introducción para Der Organismus der Seele de Heyer.
En 1936, sin embargo, él y Jung discutieron en la reunión anual de la sociedad.
Aunque personalmente no pareciera antisemita - en septiembre de 1938, por ejemplo, escribió una cálida carta de recomendación para el Judío Max Zeller, que había estado en análisis con él ese año, antes de ser internado en un campo - Heyer permaneció como miembro del partido nazi hasta 1944.
Después de la guerra, Jung denunció a Heyer por su pasado nazi y rehusó volver a reunirse con él de nuevo.