Durante la investigación en la colonia, los Gunman empiezan a ser atacados por unas organismos gigantes que serían conocidos como la "Especie Alfa", la más peligrosa de una extensa familia de criaturas conocidas como "Xenomes".
Sin embargo el General, que continuaba vivo mientras la nave en la que se encontraba era arrastrada bajo tierra por el monstruo, contemplaba la huida de los Gunman sin poder avisarles de su desesperada situación.
El juego salta cinco años en el tiempo y sitúa al jugador en la piel del Comandante Archer, que se preparaba para una misión a bordo de una estación Gunman conocida como "Aeronáutica".
El vengativo general, junto con científicos y mercenarios, creó una maliciosa organización que se encarga de diseñar nuevas especies xenomes con ingeniería genética, a las cuales pretende emplear como arma biológica para lograr sus propósitos, entre ellos, vengarse de Archer.
Una vez llegada la nave carguera, empieza a ser atacada por el robot aéreo de la IA del Sistema Central, que finalmente decidió rebelarse.
Pero en pocos instantes el liberado espécimen Alfa emerge de un pozo y devora al General por segunda vez.
Gunman Chronicles, situándose en un momento desconodico de un futuro distante, contiene muchos ambientes y temas.
Los diseños más destacados se centran en la Ciencia Ficción, Cyberpunk, Steampunk y Western, entre otros.
El juego se centra en esas ambientaciones, pero además tiene una amplia variedad de influencias.