Él era el mayor de los hijos, y único varón, del Príncipe Federico de Anhalt-Harzgerode, con su primera esposa Juana Isabel, hija del Príncipe Juan Luis de Nassau-Hadamar.

Guillermo Luis sucedió a su padre en Harzgerode cuando este murió en 1670.

Ella era catorce años mayor que él, y quizás por esta razón la unión no tuvo hijos.

Esta unión no tuvo hijos tampoco, a pesar del hecho de que Sofía Augusta era veintitrés años más joven que Guillermo Luis.

Sin ningún descendiente de su matrimonio, Anhalt-Harzgerode fue fusionado de nuevo con la línea principal de Anhalt-Bernburg a su muerte, gobernado en ese tiempo por su primo Víctor Amadeo.