Ha sido diputado local y federal, presidente municipal de Torreón, Coahuila, senador de la República, candidato a gobernador por el mismo estado y diputado federal plurinominal.

En septiembre de 2006 su hija fue apadrinada por Felipe Calderón y Margarita Zavala en Torreón, en ese entonces la hermana de Guillermo Anaya era esposa del hermano de Sergio Villareal el Grande, mismo que acudió a la reunión y recomendó a Calderón para que nombrara a Genaro García Luna como jefe de seguridad.

El 15 de octubre de 2007 el entonces gobernador de Coahuila, Humberto Moreira, quien actualmente enfrenta una dura crítica por la deuda ilícita del estado de Coahuila,[2]​ lo acusó, junto a al senador Ernesto Saro Boardman y el presidente nacional del PAN, Manuel Espino, de tener vínculos con el narcotráfico,[3]​ lo cual fue negado por el senador que exigió a Moreira que lo pruebe o en su caso se retracte, sino procedería a demandarlo penalmente.

Sin embargo una demanda por difamación en contra del autor de dicho artículo fue llevada a cabo, en donde se dio el fallo a favor de Guillermo Anaya en donde se comprobó que las imputaciones eran falsas.

[6]​ En 2011 fue candidato a gobernador por los partidos Acción Nacional y Unidad Democrática de Coahuila, en el proceso electoral para renovar la gubernatura de Coahuila en las elecciones de ese año siendo derrotado por Rubén Moreira Valdez, hermano del entonces gobernador con licencia Humberto Moreira.