Más tarde ese mes, el ejército ugandés lanzó una invasión, saqueando propiedades y matando civiles.

Nyerere creía que los rebeldes ugandeses debían tener tiempo para organizar su propio gobierno para suceder a Amin.

Libia terminó su intervención a principios de abril y sus tropas abandonaron el país.

El 10 de abril, una fuerza combinada TPDF-UNLF atacó Kampala y la aseguró al día siguiente.

Otro punto de distensión fue su relación con Gran Bretaña: mientras Mutesa II buscaba tener una mayor cercanía, Obote deseaba no-alinearse y hasta llegar a hacer algunos lazos con el Bloque del Este (siempre evitando el enfrentarse a los británicos), como había hecho Tanzania y Nigeria.

Cuando Mutesa II intentó independizar a Buganda del resto del país, Obote y Amin ordenaron el asalto de su palacio y lo forzaron a exiliarse en Gran Bretaña, donde murió en 1969 en extrañas circunstancias.

Durante los setenta, Amin llevó a cabo un radical programa antioccidental y en particular anglófobo sin el apoyo de ningún país vecino, al contrario de Nyerere, quien tenía buenas relaciones con británicos y soviéticos.

Por su parte, el dictador ugandés, personaje muy paranoico, empezó a creer que sus vecinos de Kenia y Tanzania conspiraban para derrocarlo.

Amin también se hizo famoso por su antisemitismo, rompió relaciones con Israel, lo que le permitió atraer la ayuda económica de países árabes como Libia y sus riquezas petrolíferas, por lo que Amin apoyó a la causa palestina.

Aunque Nyerere tampoco llevó a cabo un gobierno democrático, pero si al menos era en comparación más progresista y humanitario que el del resto de sus vecinos.

El régimen de Amin dependía de dos factores: el ejército y las policías secretas que creó, llamadas SRB (State Research Bureau) y PSU (Public Safety Unit).

La Fuerza Popular para la Defensa de Tanzania (Tanzania People's Defence Force, TPDF) era en esas fechas un ejército profesional entrenado por oficiales ingleses y con equipo británico y soviético, aunque más pequeño que el ugandés.

Sus tropas estaban mal entrenadas, pobremente equipadas, e inadecuadamente vestidas y abastecidas.

La 201.ª Brigada del TPDF intentó cruzarlo por una carretera que lo pasaba por la zona suroeste, pero los libios la repelieron, pero dos días después, las brigadas 201.ª y 208.ª lanzaron un ataque conjunto que forzó a los libios a retroceder.

Tanzania ocupó toda Uganda durante 1979 y el UNLF empezó a organizar un gobierno.

Los países occidentales celebraron la derrota de Amin, quien cada vez se mostraba más cercano al Bloque soviético.