Esporádicos combates continuaron durante el siglo XX y la Islas Bijagós no se pacificó bajo el dominio portugués hasta 1936.Aunque no siempre había sido la resistencia local no fue hasta 1956 el primer movimiento de liberación fue fundada por Amílcar Cabral y Rafael Barbosa, el Partido Africano para la Independencia de Guinea y Cabo Verde (PAIGC ).En 1960, se decidió trasladar la sede a Conakri en la vecina Guinea con el fin de prepararse para una lucha armada.Similares acciones guerrilleras se extendieron rápidamente a través de la colonia, principalmente en el sur.En 1968, la estrategia del comandante Antonio Spínola tomó la ofensiva haciendo retroceder PAIGC y cobrando impulso.UU. estaban utilizando en la guerra de Vietnam: napalm y defoliantes, el primero para destruir la guerrilla cuando se podía encontrar, esta última para disminuir el número de emboscadas que ocurrieron cuando no podía.El nuevo régimen rápidamente ordenó la cesación del fuego y comenzó a negociar con el PAIGC.2069 soldados portugueses y unos 6000 guerrilleros del PAIGC fueron muertos durante la guerra de 11 años, junto a 5000 civiles.
Situación en la Guerra Colonial Africana de Portugal a finales del año 1970 en Guinea-Bissau, Angola y Mocambique (verde: controlado por las fuerzas coloniales portuguesas / amarillo: zona de combate / rojo: "liberada" por movimientos independentistas)
