Sufrió grandes abusos y humillaciones cuando fue jornalero por parte de los latifundistas españoles, criticó los abusos de la agricultura colonial y llevó a cabo grandes reformas eclesiásticas.
En 1896, cuando la revolución filipina estalló, sus lealtades políticas e ideológicas estaban ya muy bien definidas.
Emilio Aguinaldo lo designó sacerdote militar en 1898; entonces fue excomulgado oficialmente por la Santa Sede.
Representó a Ilocos Norte en el primer congreso de Filipinas, convocado en Malolos, Bulacán en 1898, antes de que los Estados Unidos compraran el país a España y de que estos enviaran fuerzas para ocupar y colonizar las islas.
La Iglesia Independiente Filipina, conocida más adelante como la iglesia de Aglipayan, se creó en 1902 y en las tres décadas siguientes Aglipay luchó por la independencia filipina.