Aquino fue firmado originalmente como un infielder a los 16 años de edad, en 1995, por los Diamondbacks de Arizona.

Fue enviado al equipo Triple-A, Nashville Sounds en una asignación de rehabilitación, antes de ser llamado por Milwaukee el 31 de agosto para reemplazar a Manny Parra, quien fue colocado en la lista de lesionados.

[1]​ Después de un pobre desempeño en el primer mes de la temporada 2008, los Orioles designaron a Aquino para asignación el 29 de abril y sacado desde waivers y fue asignado a Triple-A el 1 de mayo.

En octubre de 2009, a Aquino se le concedió la agencia libre.

En la Liga Mexicana, Aquino ha jugado para los equipos Marineros de Ensenada (LNM) y Sultanes de Monterrey.