Por su trayectoria como lanzador y después como timonel Alfredo "El zurdo" Ortiz fue nombrado mánager del naciente equipo.

Con una nueva administración ya que Edgar Nehme deja la presidencia del Club, por problemas de negocios personales, entrando a su relevo Vicente Pérez Avellá Villa, el equipo empezó a modificarse, es así como Pérez contacta con Leones de Yucatán para obtener al excelente cácher Homar Rojas, que llega en cambio definitivo a la escuadra por Marco Antonio Romero.

Los Guerreros llegan a Play Off con los pronósticos todos a contra, ya que en la primera serie enfrentarían al terrible equipo Diablos Rojos de México, que además tenían la ventaja de iniciar en su casa.

Sin embargo en Play Off no hay rival débil y la Fuerza Guerrera salió a lucirse, comandados por el "Almirante", los guerreros dieron cuenta de sus hermanos mayores y en seis partidos, eliminándolos en el majestuoso Parque del Seguro Social.

Otro cambio importante fue el de Darío Pérez quien deja el equipo por mejoras en sus finanzas y se recibe al dominicano Pedro Martínez.

Para este 2000, se incrustó en el personal de refuerzos extranjeros con experiencia como venezolano Oscar Azocar, que a la postre sería nombrado como el jugador más valioso del torneo.

En la Liga Mexicana conquistó este mismo año el campeonato de más hits conectados, con 185 sencillos concluyendo la campaña como el segundo mejor bateador del circuito.

Por primera vez en la historia se daría una de las mayores rivalidades del béisbol mexicano, pero en play Off es decir Los Tigres contra los Guerreros, el primer lugar Tigres contra el Comodín Oaxaca, en este primer juego los Guerreros ganan 14-13 dicho score que le da alegría y ánimo a su afición, para el segundo juego las cosas pintaron mejor para los zapotecas ya que se imponían 9 carreras contra 1, esperanzados con el regreso a casa y buscar el campeonato de una forma similas a la de 1998, pero no fue así ya que Tigres lograron remontar y terminar 12-9.

Con la serie empatada a uno por bando, llegan a Oaxaca, con el "Vasconcelos" a reventar los Capitalinos ganarían 14-5, para el cuarto juego la suspensión por el terrible aguacero que se dejó caer, al siguiente día se reanuda y los Tigres aumentaron la ventaja con un marcador de 9-2, todo parecía que se acabaría en el mismo Oaxaca; pero en el último partido de la campaña en casa Oaxaca saco la "casta" y ganó abultadamente 18-5 y se despidieron de la afición esperando que en el Foro Sol, nueva casa de Tigres y Diablos, se hiciera la historia pero no fue así ya que fueron recibidos con un zarpazo y en el juego 6 de la serie terminando con 9 carreras contra 1 y así concluir el segundo pase de Oaxaca a Play Off.

En 2003 barrerían en la primera ronda a los Leones de Yucatán pero nuevamente los Tigres los dejarían fuera en 6 partidos.

En la segunda ronda de play off serían barridos por los Diablos Rojos del México.

Los Guerreros perderían la serie en la primera ronda ante los Leones de Yucatán en 7 juegos, debido a que una vez más fue el Mejor Perdedor clasifican a la siguiente ronda, una vez más contra los Tigres de la Angelópolis con los que perdieron en 6 juegos.

En el 2006 se regresa al sistema en que 4 equipos clasifican de manera directa a postemporada.

En 2013 en donde por tercer año consecutivo se enfrentaron a los Tigres de Quintana Roo quienes los eliminaron en 3 juegos.