Para cruzar el puente hay que abonar un peaje de 3500 yenes por trayecto (aprox.

Ya desde 1889 había habido ideas para atravesar las islas en el mismo lugar en que se construyó el puente actual, pero hasta 1955, fecha en la que fallecieron 171 personas en el accidente del ferry Shiun Maru, esas ideas no cobraron fuerza.

En 1970 se creó la Sociedad del Puente Honshū-Shikoku para la coordinación de la obra.

Sin embargo, la planificación se paralizó debido a la crisis del petróleo de 1973.

En 1978 se realizó un estudio medioambiental, debido a que existía una zona de pesca y las fuertes corrientes bajo el mar, donde se debería construir una base de acero y cemento en medio del tramo de los dos puentes para sujetar los cables colgantes, que fue construida en un puerto cercano y llevada a la zona flotando, para ser inundada y anclada al fondo del mar por su propio peso, se iniciaron las obras que duraron diez años y costaron 7.000 millones de dólares.

Aunque las medidas de seguridad cumplieron los estándares internacionales, durante la obra perecieron 13 personas por accidentes laborales.