El Gran Premio de Japón de Motociclismo de 1999 fue la segunda prueba del Campeonato del Mundo de Motociclismo de 1999.
Tuvo lugar en el fin de semana del 23 al 25 de abril de 1999 en el Twin Ring Motegi, situado en Motegi, Prefectura de Tochigi, Japón.
La carrera de 500cc fue ganada por Kenny Roberts Jr, seguido de Mick Doohan y Norifumi Abe.
Shin'ya Nakano ganó la prueba de 250cc, por delante de Tōru Ukawa y Loris Capirossi.
La carrera de 125cc fue ganada por Masao Azuma, Hideyuki Nakajō fue segundo y Emilio Alzamora tercero.