Se puede decir con seguridad que la primera mezquita de Djenné fue construida entre 1180 y 1330.
El Imán de la mezquita Es-Sa'di, escribió en 1620 que en el año 1180 el sultán Koi Konboro se convirtió al islam.
Más tarde entregó su palacio y mandó construir para los creyentes la primera mezquita de Djenné.
Amadu Hammadi Bubu (también: Seku Amadu), el fundador del Imperio de Massina, dejó en 1834 que la antigua mezquita, de 600 años, se derruyese, lo que se produjo en poco tiempo, debido a una lluvia continuada.
Fue demolida de nuevo para construir la mezquita que hay actualmente, la cual se hizo parecida en aspecto y tamaño a la primera.
Ismaila Traoré, el presidente del gremio de albañiles dirigió y supervisó su construcción.
En algunos casos se ha cubierto la fachada de azulejos, lo que ha arruinado su aspecto histórico y ha comprometido la integridad estructural del edificio.
Djenné está situada en una isla y durante la crecida anual del río Bani las aguas más altas pueden inundar ciertas zonas de la ciudad.
Hasta ahora, ha sido suficiente para mantenerla fuera del alcance de las aguas.
Los muros exteriores de la Gran Mezquita no son precisamente ortogonales entre sí, por lo que la planta del edificio tiene un notable contorno trapezoidal.
La qibla está dominada por tres grandes torres en forma de caja o minaretes que sobresalen del muro principal.
Antiguamente, un pregonero repetía las palabras del imán a los habitantes de la ciudad.
Las pequeñas rejillas de ventilación del tejado están rematadas con cazoletas invertidas desmontables que, al retirarlas, permiten que el aire caliente salga del edificio y ventile el interior.
Los orificios de ventilación del techo están cubiertos por cúpulas cerámicas extraíbles que impiden la entrada de la lluvia y que pueden retirarse para permitir la ventilación cuando el aire del interior es demasiado caliente.
Al principio de la fiesta se celebra una carrera para ver quién será el primero en entregar el yeso a la mezquita.
La imitación, la mezquita Missiri, fue construida en cemento y pintada en rojo ocre para asemejarse al color de la original.
En la mezquita, la muchedumbre arrancó los ventiladores que había regalado la Embajada de EE. UU.
La policía local se vio desbordada y tuvo que pedir refuerzos a Mopti.