La jugabilidad básica de Gradius Gaiden se mantiene fiel a la saga.

Sin embargo, se añaden dos naves, cuya configuración de armamento es nueva.

Otra adición a mencionar es un nuevo escudo, llamado 'Limit', que proporciona invulnerabilidad durante 3 segundos.

Esta opción tan sólo se ha visto en este juego, y puede llegar a ser muy útil.

El láser de pulsación son dos cortos láseres paralelos que van en línea recta.