Adjunto al Muséum national d'histoire naturelle de París como recolector naturalista, entre 1822 y 1842 exploró territorios de Nueva Granada.

Continuó trabajando como recolector hasta 1842, año en que volvió a Francia.

Durante los siguientes cuatro años publicó diferentes artículos sobre las plantas y los animales de Nueva Granada, incluyendo el primer reporte sobre la anidación del gallito de las rocas, Rupicola peruviana, en la actualidad ave nacional de Perú.

En 1848 volvió a Colombia, donde finalmente murió.

Los insectos del Orden Diptera recolectados por Goudot fueron descritos por Justin Pierre Marie Macquart.