Se dedica al periodismo desde 1975[1]​ Inició su carrera en El Tiempo, de Bogotá.

Finalista en la Categoría "Reconocimiento a toda una vida" en el Premio Nacional de Derechos Humanos, en 2021.

En su reciente proyecto de documentales independientes ha dirigido y producido “Operación Jaque, una jugada no tan maestra”,[2]​ “El río que se robaron, el exterminio de la nación Wayúu”,[3]​ y "El Presidente Borrado de la Historia",[4]​ en posproducción.

Gonzalo Guillén ha sufrido graves amenazas,[5]​durante su carrera profesional y debido a ello ha debido exiliarse en Estados Unidos, Perú, Ecuador y Argentina.

Las amenazas más fuertes las recibió durante los dos gobiernos consecutivos del Presidente Álvaro Uribe Vélez[6]​ (2002-2006 y 2006-2010) debido a graves denuncias que hizo sobre él.