Marchó en 1608 a Florencia, para ingresar en el taller de Matteo Rosselli, con quien aprendió las técnicas del fresco y la pintura al óleo, además de practicar intensivamente el dibujo.
En 1615 realizó sus primeros encargos de importancia como artista independiente (Ognissanti, Casa Buonarroti).
Prueba de ello es su trabajo en la iglesia de los Quatro Coronati o en la Sala degli Argenti en el Palazzo Pitti, que la muerte le impidió concluir.
Su estilo ligero, sus colores traslúcidos y su fácil brillante ejecución hacen de Giovanni da San Giovanni uno de los artistas más atractivos del siglo XVII.
Sin embargo, su estilo contiene algo de retrógrado, pues mira constantemente hacia el pasado manierista.