En 1583, fue enviado a fundar una academia de pintura llamada El Seminario de Pintores en el Japón portugués.
Esta academia, fundada en 1590 se convertiría en la más importante escuela de pintura occidental en Asia.
Una vez allí, Niccolo también creó objetos de culto para su uso por las iglesias católicas y los fieles conversos.
Menos de tres décadas después, fue expulsado del archipiélago japonés.
Sus imágenes preferidas fueron principalmente Salvator Mundi y La Virgen María.